Le dénombrement de ces germes englobe notamment les bactéries et les levures et moisissures, on parle donc de ‘charge bactérienne globale’. Ces germes représentent un indicateur de l’hygiène globale du processus mis en œuvre ainsi que des méthodes de conservation employées.

Ces germes n’entraînent, en général, pas d’intoxication alimentaire mais peuvent altérer les qualités organoleptiques des aliments (odeur, saveur, couleur/ aspect) plus rapidement s’ils sont présents en quantité importante.

Leur excès peut être issu de l’environnement, des matières premières ou encore de mauvaises manipulations ou mauvaises méthodes de conservation.

La teneur en germes aérobies mésophiles ou germes totaux sera plus élevée en cas de mauvaises pratiques d’hygiène et de fabrication telle(s) que :

• une contamination par le matériel, les locaux : propreté moindre, courants d’air, …
• une hygiène du personnel insuffisante : lavage insuffisant des mains, mauvaises pratiques de travail, ….
• une mauvaise conservation des aliments au cours de leur stockage, de leur préparation ou de leur distribution / portionnement : non respect des durées de vie,  conditions de conservation inappropriées AR 13 juillet 2014 – T° de conservation
• un traitement thermique insuffisant : trop court, cuisson insuffisante, refroidissement / réchauffage réalisé dans de mauvaises conditions, …

Certains aliments présentent de manière systématique une quantité très élevée de germes aérobies mésophiles : produits contenant du fromage, salami, charcuteries emballées sous plastique (jambon, bacon, …). Pour ceux-ci la présence de ces germes peut être expliquée par le processus de fabrication (présence d’une flore lactique possible (non-pathogène)). Voir ce lien : Flore lactique